Pokud chceme používat zasílání a doručování zprav pomocí aplikace Komens ve Webové aplikaci, musíme nejdříve v Parametrech webové aplikace na záložce Aktivní moduly vybrat oddíl této aplikace a po té třídy, pro které bude tato část aktivní. Pokud není zaškrtnuta ani jedna třída, znamená to, že se omezení na třídy neprovede a tato část aplikace bude přístupná všem.
Pokud si přejeme, aby se na úvodní straně Webové aplikace zobrazoval počet nových (nepřečtených zpráv), na záložce Parametry modulů, Části aplikace, Úvodní stránka musíme tuto informaci vybrat. Navíc můžeme nastavit, zda se na úvodní stránce v panelu zobrazovat Aktuality.
Na záložce Parametry modulů, Komens - Komunikace nastavujeme podrobné vlastnosti fungování zasílání zprav.
V záložce Adresování zpráv můžeme nastavit kdo může komu zprávy psát. Směr komunikace nastavujeme pro jednotlivé druhy odesílatelů.
Komunikační systém umožňuje odeslání několika typů zpráv. Na záložce Typy zpráv můžeme nastavit jaké typy zpráv mohou jednotliví odesílatelé posílat.
obecná zpráva - základní typ zprávy
nástěnka třídy či školy - zpráva umístěná na nástěnku třídy či školy
aktualita - zpráva, která se po odeslání objeví na úvodní stránce webové aplikace
omluvenka - zpráva adresována třídnímu učiteli (do textu zprávy je možno uvést důvody absence žáka)
hodnocení žáka - vyučující mohou zaslat rodiči žáka zprávu týkající se jeho prospěchu či chování. U zprávy je automaticky požadováno potvrzení přečtení.
Dále nastavíme, zda chceme používat číselník hodnocení.
U některých typů zpráv je žádoucí, aby je viděli i ostatní pedagogové. V parametrech webové aplikace můžeme v záložce Práva nastavit zobrazení omluvenek a zpráv o hodnocení jednotlivým skupinám učitelů. Lze zde také povolit žákům zobrazení jejich hodnocení.
Poznámka:
Na záložce Systémové parametry, Práva nastavujeme uživatele, kteří budou mít právo ředitelství. Pak tito uživatelé mají větší pravomoci - například mohou odesílat jako ředitel zprávy, mají přístup do Servisu zpráv Komens. Také můžeme nastavit, zda všichni s právem ředitelství mají vidět v odeslaných zprávách i zprávy, které odeslal jiný uživatel jako ředitel.
Pokud chceme zajistit, že si adresát zprávu přečte, můžeme nastavit rozesílání e-mailových upozornění. V Parametrech webové aplikace musíme nastavit parametry SMTP serveru.
Na záložce Notifikace je možno nastavit, zda se budou zprávy posílat či ne. Určíme, zda se budou hlášení zasílat pouze u zpráv určených jednomu adresátovi či více adresátům. Další volba umožní odesilateli rozhodnout, zda se e-mail pošle či nikoliv. Posledním parametrem můžeme definovat typy zpráv, na které budou adresáti upozorněni (pokud není zaškrtnuto, odešle se upozornění vždy).
V další části okna se nastavují parametry samotné zprávy. Je třeba si uvědomit, že se jedná o zprávu obecnou, která může být doručena učiteli, žákovi či rodiči. Po kliknutí na tlačítko 
vidíme klíčová slova, která je možno v těle zprávy nastavit - informace o odesílateli zprávy a termínu odeslání zprávy v komunikačním systému. Pokud mohou zprávy odesílat žáci i rodiče, je vhodné zvolit parametr #ODESILATEL#, protože je v tomto případě za jménem odesílatele připsáno jakou roli odesílatel má (žák, rodič, případně učitel).
Na záložce Parametry nastavujeme vlastnosti zobrazení zpráv Komunikačního systému Komens.
Určíme počet dní po napsání zprávy, kdy se má odesílat informace o smazání zprávy těm, co si ji již stihli přečíst (Při smazání zprávy jsou všichni adresáti, pokud již tuto zprávu četli, informaci, že zpráva byla vymazána odesílatelem. Například pokud ředitel vloží aktualitu na první stránku a pak ji zase odstraní. Po nějaké době již ale není nutné, aby adresáti věděli, že je zpráva odstraněna, tedy neplatná, protože obsahová platnost zprávy třeba již stejně dávno vypršela. Jak dlouhá bude standardně tato doba určuje právě tento parametr.).
Také můžeme nastavit, zda se k odpovědi má připojit původní text zprávy.
Nastavíme, od kterého data jsou zprávy zahrnovány do nového pololetí.
Pokud se v seznamech adresátů mají zobrazovat jen uživatelé z již vytvořenými přihlašovacími údaji (a hromadné zprávy se mají jen těmto uživatelům zasílat), pak vybereme možnost Umožnit poslat zprávu jen adresátovi, který má do web aplikace přístup.
Poznámka:
Na záložce Systémové parametry, Soubory nastavíme, komu je povoleno připojovat ke zprávám soubory, kam se soubory mají ukládat (k tomuto adresáři musíme nastavit právo čtení, zápisu a změny pro uživatele, pod kterým běží web - podle Nastavení IIS) a maximální počet souborů na jednoho uživatele.