Jednou z nejdůležitějších charakteristik systému Bakaláři je jeho otevřenost a možnost přizpůsobení na konkrétní podmínky a požadavky školy.
Přehled nejdůležitějších prostředků pro přizpůsobení programu
uvádíme z hlediska modulu Evidence, obdobně lze však i u ostatních evidenčních modulů - knihovna, inventarizace)
Nastavení parametrů programu
Řadu parametrů lze nastavit v Parametrech systému Bakaláři.
Další parametry lze nastavit v PUBLIC.INI.
Modifikovatelné sestavy
Lze je tedy upravit na základě subjektivních požadavků a estetických hledisek (sloupcové seznamy, sestavy - reports, vysvědčení, ...). Škálu sestav lze rozšířit, definovat vlastní sestavy. Většinu sestav lze směrovat do textových souborů, což dává další možnost - zpracovat výsledek v textových editorech.
▪Sloupcové seznamy. Je vhodné připravit několik typických sloupcových sestav (seznam na výlet, brigádu,..), aby učitelé při požadavku tisku pouze vybrali kostru seznamu z nabídky.
▪Sestavy - reports. Pro tvorbu těchto sestav doporučujeme videoučebnici 
. Při tvorbě nové sestavy zpravidla vyjdeme z již hotové (kopie sestavy), kterou upravíme pro vlastní potřeby. Tvorbu těchto sestav lze konzultovat s autory systému, případně požádat o vytvoření. Lze říci, že tyto sestavy poskytují prostředky pro vytvoření takřka libovolného výstupu, který můžeme kdy potřebovat.
▪Vysvědčení. Rovněž lze doporučit videoučebnici . Aktuální vysvědčení jsou k dispozici na stránkách www.bakalari.cz. Nenalezneme-li požadované vysvědčení, obrátíme se na autory systému.
Do tabulky žáků či zaměstnanců lze přidat další sloupce - evidované údaje.
Přidání některých údajů lze volit již během instalace systému (evidenční číslo žáka, číslo školní družiny, domov mládeže, ...). Jinak viz změna struktury souboru v nabídce Správce. Další rozšíření s tím související - viz další body.
Karta žáka (obecná obrazovka).
▪Zařazení údajů na záložku Další, vyřazení nepoužívaných položek ze záložek (Osobní údaje, Rodiče, Poznámky) - snadná cesta, kterou nalezneme v Parametrech systému BAKALÁŘI, záložka Evidence.
▪Úprava záložky Osobní údaje, Další. Složitější procedura - viz Tvorba obrazovek (nabídka Správce).
▪Úprava mřížky vpravo na kartě (např. zařazení položky evidenční číslo žáka). Viz modifikace INI souborů - soubor ZACI.INI (nabídka Správce) - sekce [Grid].
Definice pohledů
Nabídka Data, Změny - zobrazení osobních údajů. Kromě jiného může být alternativou k úpravě záložky další v kartě žáka (zavedeme-li do tabulky žáků více nových položek - např. pro platbu školného za jednotlivé měsíce platba_09, platba_10, ...., platba_06).
Definice často používaných filtrů a indexů
Tyto jsou pak přístupné pod ikonou 
a 
v panelu nástrojů. Viz modifikace souboru SETUP v nabídce Správce.
Doplnění položek do hlavní nabídky - rozšíření o vlastní programy
Toto je již určeno spíše pro programátory, případně pro tvorbu na zakázku. Viz Modifikace souboru SETUP (Setup, CleanUp, Menu_Bar), případně též Nástroj, Editace DBF souboru, Programy.DBF.
Číselníky
pro snadnou a rychlou editaci položek
▪Jednoduché číselníky lze definovat v nabídce Data, Definice číselníků nebo přímo při editaci údaje stiskem horké klávesy Ctrl+O.
▪Vícesloupcové číselníky (podobné jako pro PSČ, zdravotní pojišťovnu, obor studia) - viz Modifikace souboru SETUP (nabídka Správce).
Další parametry pro konkrétní tabulku (žáci, zaměstnanci)
Například standardní (přednastavené) řazení - index, default hodnoty pro položky při zápisu nových žáků, - viz. Modifikace INI souborů (ZACI.INI) (nabídka Správce).