Soubor SETUP.DBF představuje nástroj, pomocí něhož lze přizpůsobit danou aplikaci (Evidence žáků, Knihovna atd.) dle subjektivních požadavků. Názorným příkladem mohou být všechny aplikace dodávané s modulem Bakalář.
V souboru SETUP lze definovat:
▪standardní indexy (řazení záznamů)
▪standardní filtry (výběr podmnožiny záznamů)
▪nabídky
▪číselníky
▪programovou část SETUP, která bude provedena při vstupu do aplikace
▪programovou část CLEANUP, která bude provedena při ukončení aplikace
Většina změn provedených v souboru SETUP se projeví až po opuštění aplikace při dalším vstupu. Změny by měl provádět pouze velmi zkušený uživatel.
Definice řazení (INDEX)
Rozšíření nabídky, která se rozbaluje po kliknutí na tlačítko 
v ovládacím panelu.
Tag Jednoznačné 10-znakové označení položky indexu, mělo by vycházet z klíče - s odstraněním nealfanumerických znaků.
Unique Při zaškrtnutí je z množiny záznamů, které mají shodnou hodnotu klíče, viditelný pouze první záznam.
Definice filtru (FILTER)
Rozšíření nabídky, která se rozbaluje po kliknutí na tlačítko 
v ovládacím panelu. Kromě standardního výrazu pro definici filtru lze použít tzv. otazníkovou konvenci:
Příklady:
kod_zp="?[]"
kod_zp="?[_zp,kod,nazev]"
bydliste="?[?]"
Místo fráze ?[] bude do výrazu dosazena hodnota, kterou uživatel v následujícím vybere z číselníku nebo přímo zapíše.
Definice nabídek (MENU_BAR)
Určeno pro programátory, kteří touto cestou mohou zařadit do aplikace nové utility, dle požadavků uživatelů.
Definice číselníků (CISELNIK)
Lze definovat číselníky, které obsahují více sloupců, dle prvního sloupce jsou provázány na "otcovskou" tabulku.
Definice tabulky obsahuje řádky (příklad):
File=LEKARI.DBF (název tabulky s číselníkem)
Alias=LEKARI (alias - označení tabulky po otevření - zpravidla se shoduje s názvem tabulky)
BoundColumn=ZKRATKA (název položky, dle níž je realizována vazba-relace)
Columns=ZKRATKA,ADRESA,PSC (položky-sloupce tabulky s číselníkem)
ColumnWidth=10,50,20 (délka položek - sloupců číselníku)
Neexistuje-li tabulka uvedená ve FILE= , je při vstupu do aplikace vytvořena. Její strukturu lze upravit spuštěním ikony Nástroje 
.
Svázaný číselník (v relaci)
Je-li zaškrtnuto, je “dceřinná” tabulka s číselníkem provázána na “otcovskou” tabulku. Toto provázání též znamená, že do příslušné položky lze zapsat pouze hodnoty, které obsahuje číselník. Tlačítko tedy nebudeme zaškrtávat tehdy, když chceme mít volnou možnost editace položky, pouze někdy budeme vybírat z číselníku.
Pevný (nedovolené změny)
Můžeme zaškrtnout po naplnění číselníku pakliže chceme, aby číselník byl nadále nemodifikovatelný.
Poznámka: V souboru SETUP nemá smysl definovat číselníky obsahující pouze jeden sloupec. Takové číselníky lze vytvořit snadněji přímo v Definici číselníků.
Programová část SETUP
Příkaz (blok příkazů) bude proveden při vstupu do aplikace. Využije se např. pro otevření dalších tabulek. Určeno pro programátory.
Programová část CLEANUP
Příkaz (blok příkazů) bude proveden při opuštění aplikace. Využije se např. pro uzavření tabulek, které byly otevřeny v části SETUP. Určeno pro programátory.
Při rozšiřování možností programu Bakalář mohou programátoři využít zejména tyto proměnné systému:
▪m.ADRESAR obsahuje adresář, ve kterém jsou uloženy soubory, se kterými právě pracujeme - např. S1\knihovna\. Položka COMMAND pak může obsahovat příkaz: DO (m.ADRESAR+"MUJSETUP.PRG").
V souboru MUJSETUP.PRG bude např. řádek USE (m.ADRESAR+"POMOCNY.DBF").
▪m.MOWNER logická proměnná, obsahuje .T., pracuje-li se souborem vlastník.
▪m.MPRAVO_EDI logická proměnná, obsahuje .T., pracuje-li se souborem uživatel s právem read write.