V Portále zvolíme 
a z nabídky vybereme Konfigurace programu.
Okno je rozděleno na několik částí, některé jsou přístupné jen správci programu Bakaláři
Konfigurace panelů
Zobrazené moduly - vybereme, zda se mají zobrazit všechny moduly nebo jen moduly s právem vstupu pro aktuálního uživatele. Správce může definovat šablony zobrazených modulů. Uživatel si pak bude moci vybrat i z těchto šablon. Případně si můžeme definovat vlastní množinu modulů pro aktuálního uživatele a následně vybrat požadované Moduly.
Panely - vybereme panely, které se mají zobrazovat.
Parametry
Velikost ikon - zvolíme velikost ikon dle rozlišení obrazovky, případně větší či menší.
Spouštění modulu - zvolíme, zda chceme moduly spouštět jedním klikem myši nebo dvojklikem, případně zda se se mají moduly spouštět jako správce počítače (rozumí se administrátor Windows resp. domény Active Directory).
Automatické odhlášení při nespuštěném modulu - nastavíme po kolika minutách se má Portál automaticky odhlásit v případě, že nepracujeme v žádném modulu. Odhlášení můžeme také deaktivovat.
Nastavení aktuálního počítače - přístupné pouze pro správce programu Bakaláři
Předvybraný uživatel při přihlášení - v přihlašovacím okně do Portálu je pak tento uživatel nastaven
Po přihlášení automaticky spustit modul - vybereme modul, např. Třídní kniha, který se po přihlášení automaticky spustí bez nutnosti výběru v okně Portálu.
Automatické odhlášení při nespuštěném modulu - nastavíme po kolika minutách se má Portál automaticky odhlásit v případě, že nepracujeme v žádném modulu. Odhlášení můžeme také deaktivovat, případně umožnit, aby si každý uživatel nastavil sám dle svých potřeb.