Aktualizace označených souborů se provede způsobem nastaveným na záložce okna aplikace (stažení z www a provedení aktualizace, stažení z www do pracovního adresáře, aktualizace z pracovního adresáře) do adresářů nastavených v konfiguraci.
Aktualizovat lze soubory s programy buď přímým stažením souborů z www stránek a jejich okamžitým rozbalením 
nebo stažením z www stránek do pracovního adresáře 
a pozdějším provedením aktualizace z pracovního adresáře 
.
Nabídka souborů pro stažení (resp. přímou aktualizaci) z www stránek obsahuje všechny položky, které jsou pro danou verzi systému Bakaláři k dispozici. U každé je uvedeno datum umístění na Internetu, přibližná velikost a nastavený způsob manipulace (stažení z www do ...\tools\wwwfiles\ či aktualizace z www do ...\evid\ apod.).
Zatrženy jsou ty moduly, které dosud nebyly staženy, resp. byly staženy před uvedeným datem. Nechceme-li v danou chvíli stahovat všechny nabídnuté soubory, výběr jednoduše upřesníme (zrušíme zatržení u momentálně nepotřebných souborů).
Nabídka pro aktualizaci z pracovního adresáře obsahuje dříve stažené soubory, které dosud nebyly rozbaleny.
Po nastavení způsobu aktualizace a upřesnění výběru stiskneme tlačítko , resp. , , nebo v hlavní nabídce zvolíme Aktualizace a Stažení a provedení aktualizace (Stažení aktualizace, Provedení aktualizace). V dalším dialogovém okně potvrdíme zahájení stažení (resp. aktualizaci jednotlivých částí). Dále můžeme sledovat průběh stahování jednotlivých souborů, včetně procentuálního a časového odhadu. Kdykoli v průběhu můžeme celou akci ukončit. V tom případě budeme moci aktualizovat pouze ty části, jejichž stažení bylo dokončeno.
Součástí aktualizace je i vytváření kopie původního obsahu. Tato kopie se použije k návratu do původního stavu systému před aktualizací v případě, že vlastní aktualizace neproběhne bez závad, např. z důvodu chyby při stažení souborů z Internetu.